Arrêt maladie ou accident du travail pendant l'apprentissage : démarches, indemnités, CFA et examens

Contrats et droits · Par la rédaction de Deux Adresses · Publié le 2026-11-05

Stylo posé sur un carnet ouvert aux pages blanches — Arrêt de travail, déclaration d'accident, justificatif pour le CFA : en cas d'arrêt, tout passe par l'écrit et par des délais courts. Photo : Thomas Martinsen, Wikimedia Commons, CC0.

Une grippe en pleine semaine de CFA, une coupure à l'atelier, une chute de scooter sur le chemin du travail : un apprenti peut, comme n'importe qui, se retrouver en arrêt. Il est un salarié, et les règles de l'assurance maladie et de l'accident du travail s'appliquent à lui comme aux autres. Mais son statut a deux conséquences qu'on oublie souvent : il a deux lieux à prévenir, l'entreprise et le CFA, et ses indemnités sont calculées sur un salaire d'apprenti, donc modestes.

Les premiers gestes : 48 heures pour envoyer l'arrêt

Le médecin établit un avis d'arrêt de travail, le plus souvent en ligne, directement transmis à l'assurance maladie. Sur papier, l'avis comporte trois volets : les deux premiers vont à la caisse (la CPAM, ou la MSA pour un apprenti du secteur agricole), le troisième à l'employeur. Dans tous les cas, l'employeur doit recevoir son volet dans les 48 heures. Service Public précise qu'en version papier, seul le formulaire sécurisé de l'assurance maladie est désormais accepté : une photocopie ou un scan peut faire rejeter l'arrêt.

Prévenir l'employeur dès que possible, par téléphone ou message, puis lui transmettre l'arrêt dans les 48 heures.
Prévenir le CFA si l'arrêt tombe sur une période de cours, et lui envoyer une copie : sans justificatif, l'absence est comptée comme injustifiée.
Respecter les heures de sortie indiquées par le médecin : l'employeur qui verse un complément de salaire peut faire procéder à une contre-visite.
Garder une copie de chaque document, avec la date d'envoi.

L'obligation de justifier ses absences, au CFA comme dans l'entreprise, fait partie des obligations de l'apprenti : un arrêt envoyé en retard ou oublié côté CFA peut coûter une retenue de salaire et nourrir un dossier disciplinaire.

Arrêt maladie : ce que verse l'assurance maladie

Les conditions

Pour toucher des indemnités journalières pendant les six premiers mois d'arrêt, il faut, selon Service Public, avoir travaillé au moins 150 heures au cours des trois mois civils ou des 90 jours précédant l'arrêt, ou avoir cotisé sur un salaire au moins égal à 1 015 fois le Smic horaire pendant les six mois précédents. Les heures de cours au CFA sont des heures de travail : un apprenti à 35 heures par semaine atteint en principe les 150 heures en un peu plus d'un mois. Un apprenti tout juste embauché, sans emploi salarié avant, peut en revanche ne pas remplir encore ces conditions.

Le délai de carence et le calcul

Les indemnités sont versées après un délai de carence de 3 jours : les trois premiers jours d'arrêt ne sont pas indemnisés par la caisse. Elles valent ensuite 50 % du salaire journalier de base, égal au total des trois derniers salaires bruts divisé par 91,25.

Appliqué à un salaire d'apprenti, le calcul donne des montants faibles. Prenons un apprenti de 19 ans en première année, payé au minimum légal de 802,82 € bruts par mois (43 % du Smic, voir notre grille des salaires 2026). Son salaire journalier de base est d'environ 26,39 € ; son indemnité journalière, d'environ 13,20 € bruts par jour. Une semaine d'arrêt représente donc une vraie perte, d'autant que la carence efface les trois premiers jours.

Le complément de l'employeur

Le Code du travail oblige l'employeur à compléter les indemnités de la sécurité sociale, à hauteur de 90 % puis des deux tiers de la rémunération brute, mais seulement pour le salarié qui a au moins un an d'ancienneté dans l'entreprise, et après un délai de carence de 7 jours. Un apprenti de première année en est donc généralement exclu. C'est là que la convention collective compte : beaucoup prévoient un maintien de salaire plus favorable, avec une ancienneté plus courte ou sans carence. L'apprenti y a droit comme les autres salariés : il faut demander à l'employeur quelle convention s'applique et la lire.

Accident du travail ou de trajet : une protection plus forte

Au travail, et au CFA

Un accident survenu par le fait ou à l'occasion du travail est un accident du travail. Pour un apprenti, cela vaut dans l'entreprise, sur un chantier ou chez un client, mais aussi pendant la formation : le temps passé au CFA est du temps de travail. L'accident doit être signalé à l'employeur dans la journée, au plus tard dans les 24 heures ; c'est ensuite à l'employeur de le déclarer à la caisse dans les 48 heures et de remettre à l'apprenti une feuille d'accident, qui lui évite d'avancer les frais de soins liés à l'accident.

Les règles d'indemnisation sont nettement plus favorables qu'en maladie. Selon Service Public, le jour de l'accident est payé intégralement par l'employeur ; les indemnités journalières sont ensuite versées dès le lendemain, sans délai de carence, et sans condition d'heures travaillées. Elles valent 60 % du salaire journalier de référence (le salaire brut du mois précédent divisé par 30,42) jusqu'au 28e jour, puis 80 % à partir du 29e, dans la limite d'un plafond. Pour notre apprenti à 802,82 €, cela représente environ 15,80 € bruts par jour le premier mois. La fiche de Service Public prévoit des modalités de calcul révisées pour les accidents survenus depuis le 1er novembre 2026 : c'est elle qu'il faut consulter pour le détail.

Sur le trajet

Un accident survenu sur le trajet entre le domicile et le lieu de travail, ou entre le travail et le lieu où l'on prend habituellement ses repas, est un accident de trajet. Il est pris en charge et indemnisé, mais n'offre pas toutes les protections de l'accident du travail, notamment contre le licenciement. Pour un apprenti qui alterne deux lieux, et parfois deux logements, le trajet vers le CFA pose la même question : en cas d'accident, il faut le signaler sans attendre en précisant d'où l'on venait et où l'on allait, la caisse appréciant au cas par cas.

Le retour : visite de reprise et inaptitude

Après un arrêt d'au moins 30 jours pour accident du travail, ou d'au moins 60 jours pour une maladie ou un accident non professionnel, l'employeur doit organiser une visite de reprise auprès de la médecine du travail. Le médecin peut proposer des aménagements de poste. S'il conclut à une inaptitude, le contrat d'apprentissage peut être rompu par l'employeur pour ce motif, sans que celui-ci soit tenu, pour un apprenti, de chercher un reclassement : c'est l'un des cas de rupture prévus par le Code du travail, présentés dans notre article sur la rupture du contrat d'apprentissage.

Ce que l'arrêt change pour le contrat

La période des 45 jours

Pendant les 45 premiers jours, consécutifs ou non, de formation pratique dans l'entreprise, l'apprenti comme l'employeur peuvent rompre librement le contrat. Les jours d'arrêt ne sont pas des jours de formation en entreprise : un arrêt pendant cette période la prolonge d'autant. Passé ce cap, la maladie elle-même n'est jamais un motif de rupture.

La durée du contrat

L'arrêt suspend l'exécution du contrat mais ne repousse pas automatiquement sa date de fin. Si une longue absence compromet la formation, mieux vaut en parler tôt avec le CFA et l'employeur : la durée de la formation peut être adaptée par avenant, et un échec à l'examen ouvre droit à la prolongation d'un an au plus, détaillée dans notre article sur l'échec à l'examen.

Les examens

Un arrêt qui tombe le jour d'une épreuve ne vaut pas automatiquement report. Selon le diplôme et le certificateur, une session ou une épreuve de remplacement peut être ouverte aux candidats absents pour un motif justifié, sur demande et dans des délais courts. Il faut prévenir immédiatement le CFA et le service des examens, certificat médical à l'appui.

En résumé

Arrêt transmis à la caisse et à l'employeur sous 48 heures, copie au CFA si l'arrêt couvre des cours.
Maladie : 3 jours de carence, puis 50 % du salaire journalier de base ; complément employeur légal après un an d'ancienneté seulement, sauf convention plus favorable.
Accident du travail, y compris au CFA : pas de carence, 60 % puis 80 % du salaire journalier de référence.
Après 30 jours (accident du travail) ou 60 jours (maladie), visite de reprise obligatoire.
L'arrêt ne prolonge pas le contrat, mais il prolonge la période des 45 jours.

Sources

Arrêt maladie : indemnités journalières versées au salarié, fiche F3053, Service Public (DILA), vérifiée le 1er juin 2026. Consulter la fiche.
Accident du travail : indemnités journalières pendant l'arrêt de travail, fiche F175, Service Public (DILA), vérifiée le 1er novembre 2026. Consulter la fiche.
Code du travail, articles L1226-1 (indemnité complémentaire), L6222-18 (rupture du contrat d'apprentissage), L6222-24 (temps de formation compris dans l'horaire de travail) et R4624-31 (visite de reprise) ; code de la sécurité sociale, articles L411-1 et L411-2 (accident du travail et de trajet).